養殖場糞便等污染不經處理，隨排放或處置不當，污染地面、土壤和地下水。糞便污水對水體和土壤的污染主要是有機污染物和氮、磷等營養物質所帶來的危害。

1、有機污染物

糞便中含有大量含碳化合物、含氨化合物等有機物，進入水體后，嚴重首先使水質渾濁，水色變黃，氣味變臭。在微生物作用下，大量消耗水中的溶解氧時，溶解氧被耗盡，有機物進行厭氧分解，產生多種惡臭物質，水體變黑發臭，水質惡化，不能飲用。

2、氮、磷營養物質污染

氮、磷是雞排泄物的主要營養物質污染物。在有機分解過程中，有機物氮、磷還要被礦化為無機的氮、磷。多數含氮化物被氧化成硝酸鹽，其中一部分滯留在表土層，另一部分則滲入地下，日積月累則會污染地下水源。含磷過多的污水流入河溝和池塘，使水體富營養化，可使藻類等浮游生物大肆繁殖瘋長，導致水中溶解氧含量降低并產生多種毒素，直接影響魚類生長。由于藻類大量繁殖，加大了水的渾濁度，使水生植物和藻類的光合作用發生障礙而死亡，死亡的藻體和水生植物在厭氧條件下腐爛分解，導致水體惡化，從而危害生態環境。

3、礦物質元素污染

在畜禽養殖行業，為增強畜禽的食欲，往往在飼料中加入食鹽，這導致糞尿鹽分含量增多，直接影響動物健康和畜產品的食用安全，污染土壤，對農作物的生長不利。該項目的實施，將有助于改善畜禽糞便對土壤和水體的污染。雞糞中含砂量較高，特別是種雞糞，飼料中砂礫與貝殼的添加量就有8%，經過消化道帶入糞便中。且雞糞中含有較多的雞毛，特別是換羽期。

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