目前，醫院污水的消毒方式很多，如液氯法、臭氧法、次氯酸鈉法、二氧化氯法等。雖然次氯酸鈉法具有投配方便、價格低廉、可靠性高等優點，但是會與水中某些有機物結合生成有致癌作用的有機鹵化物。而二氧化氯是公認的最佳消毒劑，其殺菌效果好，具有投配方便、價格低廉、可靠性高等優點，是次氯酸鈉的理想替代產品。采用投加二氧化氯消毒劑進行消毒，消毒池采用豎流式隔板接觸反應裝置，以提高接觸時間，取得較好的消毒效果。
　　醫院污水經生化處理后，除部分細菌隨污泥沉淀下來外，大部分大腸桿菌、糞便鏈球菌等致病菌仍然存在于污水中，因此必須進行消毒處理。
　　醫院污水經沉淀后，污泥中含有大量的細菌，若直接外排，必將造成二次污染。本方案將沉淀池中的污泥經污泥泵提升進入污泥濾池，進行脫水處理。濾池濾出的清液返回調節池。濾池中的污泥由人工定期挖出后加入石灰、植物秸桿攪拌均勻，污水處理工程堆放熟化3個月后外運或填埋。