操作室一般為正方形設計，在一側設有入口，四周設有窗口，窗口玻璃可向上掀開，在天氣炎熱的夏季作業時掀起串口玻璃，可利用操縱室內的通風。操縱室的周圍一般還應設有圍欄，圍欄可提高工作人員的安全性。小型挖泥船的操縱室通常在正面前側設有操縱臺，在操縱臺上可設有各種操控按鈕，工作人員只需按動按鈕或拉動操作桿即可完成挖泥作業。小型挖泥船的操縱室面積都比較下，整個操縱室只有三平米左右，通常只能容下一致兩人。

        挖泥船在進行挖泥業時，如何才能有效防止吸泥管的堵塞呢？吸泥罩隔離法；在吸泥泵的吸泥管口上加裝一個罩體，這個罩體多數是由鋼網制成，在不影響正常吸泥的情況下，可阻止垃圾、樹枝等雜物進入吸泥泵內。但是這種方法在挖泥船長時間作業后，需要定期清理吸泥罩上面的雜物，以防止雜物堵塞泥罩孔，影響吸泥泵的淤泥吸入量。