中藥熏蒸具有顯著、強大、持久的生理、藥理效應。產生這兩個效應是熏蒸的熱能與對癥使用的藥物。治療過程中，熱與藥這一對治療因子是相互影響、共同作用于機體產生協同增效作用的。 熱是一種物理因子，熱療屬物理療法的范疇。熏蒸過程的熱效應是由源源不斷的熱藥蒸汽以對流和傳導的方式直接作用于人體的。而藥療效應或是由熏蒸藥物中逸出的中藥粒子(為分子或離子，下同)作用于體表直接產生殺蟲、殺菌、消炎、止癢、治痛等作用，或是經透皮吸收人體通過激動組織細胞受體的生物化學過程發揮藥療作用。中藥熏蒸過程中，豐富熱能和大量藥物持續作用于人體，使出現以下一系列生理、藥理效應。 中藥熏蒸治療因子“熱”與“藥”的效應是廣泛的，清．吳師機對此亦有論述。吳氏曰：雖熏蒸量宜為之是寒癥，即是熱癥亦可用之。其因由：一則得熱則行，二則以熱引熱，使熱外出也。故不但風、寒、濕癥可用熏蒸法，即熱癥亦可用之；因氣血得熱則行，見冷則凝。熱能使患處或熏蒸者氣血流通，經絡和暢，從而消腫止痛，還可使毛孔疏松、腠理得開、熱毒外泄，這就是得熱則行，以熱引熱之意。這些辯證論述與現代微循環研究結果和人體的產熱散熱機制完全相符。對于熏蒸之用藥，吳氏曰：外泊之藥即內治之藥，所異者法耳，醫理藥性無二。因此，熏蒸配方選藥的余地是很大的。在熏蒸條件下，熱發藥性，引藥入體，藥助熱勢，協同發揮治療作用，因而療效獨特。