潔凈室的整廠規劃(Turn Key Projects)因涉及范圍極廣，需建筑、水電、空調、環保、防震、制造等各項專業人才共同規劃，盡管不少潔凈室規劃，多需要就于既有的建筑物，然而，為避免失誤應盡可能事先確認下列事項：
1. 潔凈度等級。          
2. 室壓之平衡措施。
3. 溫濕度要求。
4. 機器設備之必要性。
5. 確定生產流程。
6. 局部排氣之必要性。
7. 日后擴充彈性。
8. 足夠維護保養空間。
9. 空調送風方式。
10. 員工休息區之安排。
11. 設施與動力之配置。
12. 室內凈高與樓板載重。
13. 設備空間與管道間。
14. 門窗宜少，氣密性要佳。
15. 靜電、振動及噪音。
16. 生產線與活動線少交叉。
17. 公害、污染與防災。
18. 安裝及運轉成本之衡量。
                             
潔凈室的動線規劃 所謂[動線]，是指人員、原料之入室路線，與人員與成品的出室路線。規劃時，要檢討分析人(車)路徑、配管系統、排氣管道、原料搬運和作業之流程等，盡量縮短動線，并避免交叉，以防止交叉污染(Cross Contamination)。要點：
1． 作業者、材料、化學藥品等動線勿集中。
2． 制造裝置之出入，需不對作業產生大影響。
3． 超潔凈室四周，宜設緩沖區(即較差潔凈區)。

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