菜籽蛋白幾乎不存在限制氨基酸，僅賴氨酸含量略低于大豆蛋白。與大豆粕相比，菜籽粕中蛋氨酸、胱氨酸等含硫氨基酸含量較高。菜籽蛋白氨基酸組成與FAO/WHO推薦值接近，是一種營養價值較高的植物蛋白。要充分利用菜籽蛋白資源，需要脫除硫甙及其降解物、多酚化合物(單寧)、植酸、芥子堿等抗營養物質。

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