旋耕機在使用前應檢查齒輪箱油封、紙墊是否完好，以免齒輪箱漏油。使用時注意齒輪箱內有無雜音。如果齒輪箱內有異物、錐齒輪間隙大小不當、軸承和齒輪有損傷，則可能造成旋耕機刀軸突然轉動不靈活甚至不轉動。這時應仔細檢查各部位，并根據實際情況排除故障。
旋耕機在作業過程中可能出現下列問題:
1.由于旋耕深度太深和土壤粘重或過硬而造成旋耕機負荷過大致使拖拉機冒黑煙，并伴有打滑現象。這時應適當減小耕深或耕幅，或換入低擋。
2.旋耕機作業質量出現問題，即間斷拋出大塊土坷垃或成條出現大土塊。間斷拋出大塊土坷垃是由于旋耕刀片彎曲變形、折斷、丟失或嚴重磨損所致，應視情況檢查修理如果旋耕后地面出現凹凸不平現象，則是由于前進速度與旋耕刀軸的轉速搭配不當引起的，應增大旋耕速比(即通過降低擋位作業實現)。
3.如果在運輸過程中旋耕機升不到預定高度，鏈條拉得不緊，則可能使拖板鏈條折斷。
4.旋耕機上應嚴禁站人，檢修時應停機。