需要引起注意的是，不能等到膜污染很嚴重時才清洗，這樣將會增加清洗難度，使清洗步驟增多和清洗時間延長。對于各種膜，選擇化學清洗劑時要慎重，以防止化學清洗劑對膜的損害。
此外，化學清洗還用于防止微生物、細菌及有機物的污染。如每月需用H202清洗膜一次。步驟如下：裝置停止運行并放空，把10L 30%的H202稀釋至300L，對人口、出口及流量計等處進行清洗；膜表面由無機鹽所形成的沉淀可根據沉淀物的溶解性質，選用EDTA之類的整合劑，或者酸、堿加以溶解。進行化學清洗時加熱的再生液流經膜表面，清洗劑循環0.5~4h。
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