全自動殺菌鍋設備在控制方面，選用可編程序來實施整個程序的自動控制。
　　① 溫度控制：在調定值后，溫度的顯示誤差為±0.5℃，它能保障加熱均勻。
　　② 壓力控制：在調定值后，壓力的顯示誤差為±0.01㎏/cm,對于防止食品品質低劣包裝物的變形、破損十分有益。
　　③ 液位控制：本套設備中的熱水罐上配有三支電極棒，工藝罐上配有二支電極棒。它可控制容器內之液位，當水量達到預定水位時，能自動停泵或關泵，并發出信號或轉入下一程序。
　　④ 工程進行：在加熱過程中，均有時間的預定值。它由時間執行，罐內水的溫度及壓力均由蒸汽、壓縮空氣及時間等外部件來控制。故此不會出現差錯。所以，根據不同制品的不同需要，只要設定出工程所需要的時間、溫度和壓力，直接利用觸摸屏上相應的數字輸入畫面輸入數據。